Il principio di funzionamento si basa sul sottoporre il paziente ad un forte campo magnetico statico. L' intensità del campo magnetico può variare dai decimi di Tesla, per piccole macchine dedicate allo studio delle articolazioni, a 3 Tesla per le macchine attualmente in commercio per scopi diagnostici.
Nel campo magnetico statico, gli spin dei protoni all' interno dei tessuti tendono ad allinearsi alle linee di forza ( in modo parallelo o antiparallelo); poichè gli spin allineati in senso parallelo sono in numero superiore, i tessuti vengono a possedere una leggera magnetizzazione totale. Questo allineamento non è mai totale, ma piuttosto gli spin dei vari protoni incominciano a mostrare una precessione attorno alla direzione del campo magnetico.
Questa precessione mostra una frequenza tipica della fraquenza di Larmour che si trova nell' ordine dei MHz e quindi nel campo della radiofrequenza (per un campo di 1 T, la frequenza è di 42 MHz per l' atomo di idrogeno); se allora sul paziente viene applicato un campo magnetico rotante a questa esatta frequenza e di energia sufficiente, è possibile ruotare la magnetizzazione dei protoni di un angolo arbitrario ( flip angle) che dipende dal tipo di immagini che si desidera ottenere.
Il fornire questa energia alla stessa frequenza di precessione è il fenomeno che da il nome alla risonanza; si tratta dello stesso principio per cui fornendo la spinta al momento giusto, si può aumentare l' ampiezza delle oscillazioni di un' altalena.
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